С момента обретения независимости Кыргызской Республикой в 1991 году встал вопрос о необходимости реформирования судебной системы страны. Основополагающий принцип разделения властей требовал, чтобы судебная ветвь была независимой от исполнительной. В 1994 году указом президента была создана Судебная администрация при Совете судей, которая взяла на себя функции обеспечения деятельности судов, ранее выполняемые Министерством юстиции.
В 1996 году Судебная администрация была преобразована в Судебный департамент, который стал заниматься материально-техническим и финансовым обеспечением всех судов республики, включая Конституционный, Верховный и Высший Арбитражный суды. Однако в 2000 году департамент был подчинен Министерству юстиции, что породило зависимость судебной системы от исполнительной власти, что противоречило конституционным принципам.
В 2001 году функции обеспечения высших судов были переданы Управлению делами Президента, что улучшило ресурсное обеспечение, но вновь подчеркнуло зависимость от исполнительной власти. В 2008 году, для укрепления независимости судебной системы, Судебный департамент был выведен из подчинения Министерства юстиции и стал самостоятельным органом в составе судебной ветви власти.
В 2011 году Судебный департамент был передан в ведение Верховного суда Кыргызской Республики. Его функции включали материально-техническое и организационное обеспечение деятельности местных судов и исполнение судебных актов. Для обеспечения безопасности в судах и охраны участников судебных процессов в 2016 году был принят Закон о судебных приставах, который регламентировал деятельность службы судебных приставов и определил их структуру.
Таким образом, реформы, проведенные в судебной системе Кыргызской Республики, были направлены на создание независимой и эффективной судебной ветви власти, способной функционировать без вмешательства исполнительной власти и обеспечивать правосудие в полном объеме.
